Menu:

Raziskovalni projekti centra odličnosti CIPKeBiP

Center odličnosti za integrirane pristope v kemiji in biologiji proteinov združuje in povezuje najboljše slovenske raziskovalne skupine v raziskavah na področju biokemije, biomedicine, biotehnologije, pa tudi razumevanja življenja v ekstremnih pogojih. Glavne tarče raziskovanja na CIPKeBiP-u so proteini, ki skupaj z DNA in RNA tvorijo osnovo za vse molekularne procese v živih organizmih in celicah. Prenos znanja v industrijska okolja je integriran v raziskave centra odličnosti. 

Raziskovalno delo v centru odličnosti je organizirano v raziskovalnem programu, ki ga vodi prof.dr. Dušan Turk, ARIS šifra 2990-001. Raziskovalno delo se izvaja v okviru financiranih raziskovalnih projektov in infrastrukturnega programa, ki so jih raziskovalci pridobili na osnovi uspešnih prijav na razpise, ki jih objavlja, na primer, Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije ARIS. 

PROJEKTI V IZVAJANJU

Infrastrukturni Program: Analiza in proizvodnja proteinov in biološko aktivnih molekul medicinskega pomena

ARIS šifra: IO―0048
Koordinator: prof. dr. Dušan Turk, CIPKeBiP
Trajanje: 2013-2014, 2015-2021, 2022-2027
Infrastrukturni program IO-0048

Raziskovalni projekt: MicroBeast: Razumevanje mikrobne razgradnje za napredne trajnostne materiale in tehnike biorazgradnje za boj proti onesnaževanju s plastiko

ARIS šifra: J4-50148 (C)
Kordinator: dr. Miša Mojca Cajnko, Kemijski institut
Trajanje: 2023-2026
Raziskovalni projekt J4-50148

Raziskovalni projekt: Človeški katepsin F: nenavadna cisteinska proteaza udeležena v nevrodegeneraciji

ARIS šifra: J1-2473 (D)
Kordinator: prof. dr. Veronika Stoka, Institut Jožef stefan
Trajanje: 2020-2023 + 2024
Raziskovalni projekt J1-2473

Na vrh

Zaključena financiranja Mladih raziskovalcev (2011-2017)

Izobraževanje mladih raziskovalcev je financirala Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije.

1. Mladi raziskovalec dr. Piotr Sosnowski je zaključil 4. maja 2016,
Mentor prof. dr. Dušan Turk, trajanje od 1. novembra 2011 do 30. aprila 2016. ARIS šifra: 34422. Piotr Sosnowski je prejel Krkino nagrado leta 2016 za doktorsko delo z naslovom "Strukturni vpogled v substratno specifičnost katepsinov"

2. Mlada raziskovalka Maša Černič,
Mentor prof. dr. Dušan Turk, trajanje od 1. decembra 2012 do 31. maja 2017. ARIS šifra: 35500

3. Mladi raziskovalec Dr. Štefan Možina je zaključil 22. junija 2017,
Mentor prof. dr. Stojan Stavber, trajanje od 1. novembra 2013 do 31. marca 2017. ARIS šifra: 36492

4. Mladi raziskovalec Klara Čebular,
Mentor prof. dr. Stojan Stavber, trajanje od 1. novembra 2014 do 30. aprila 2018. ARIS šifra: 37542. Klara Čebular je prejela nagrado za najboljši poster z naslovom "Direct metal-free dehydrative cross-coupling of alcohols and alkenes catalysed by molecular iodine under solvent-free reaction conditions" na 6. mednarodni IUPAC konferenci zelene kemije v Septembru 2016 v Benetkah, Italija.

5. Zaradi novih ARIS pravil CIPKeBiP kot institucija ni več upravičena do prijave za ARIS financiranje "mladih raziskovalcev".

Na vrh

Raziskovalna področja centra odličnosti CIPKeBiP v obdobju od 2010 do 2013

Evropski regionalni sklad (85% sofinanciranje) in Ministrstvo za znanost (15% sofinanciranje) sta sofinancirala razvoj centra odličnosti CIPKeBiP v okviru operacije številka OP13.1.1.2.02.0005. Financiranje je trajalo od 2010 do 2013. 

Raziskovalno delo v tem obdobju se je izvajalo v okviru 4 raziskovalnih področij:

Mehanizmi in molekulske povezave v imunskem odzivu,

vodja: prof.dr. Maja Rupnik

Cilj raziskav je bil pridobiti vpogled ter izboljšati poznavanje molekulskih mehanizmov imunskega odziva. Raziskave so bile osredotočene na:
mhc2• raziskovanje specifičnih poti in molekul vključenih v nalezljive in nenalezljive bolezni,
• določevanje novih tarč za diagnostiko in zdravljenje bolezni,
• raziskovanje mehanizmov okužb z mikroorganizmi in avtoimune bolezni,
• raziskovanje mehanizmov odzivov organizma na prepoznavanje patoloških sprememb (raka),
• raziskovanje medmolekulskih interakcij na različnih nivojih, ki bodo vključevali biokemijsko in strukturno analizo ter mikroskopijo in slikanje celic in tkiv.

Inter- in intracelularna komunikacija

vodja: dr. Enej Kuščer

celicaRazlični mehanizmi znotraj in zunajcelične komunikacije skrbijo za nemoteno delovanje celic, tkiv in posredno celotnega organizma. Kakršne koli napake v teh mehanizmih imajo za organizem praviloma hude zdravstvene posledice. Dobro poznavanje teh mehanizmov omogoča boljše razumevanje patogeneze bolezni, ki so posledica okvar ali motenj v delovanju inter- in intracelularne komunikacije, hkrati pa omogoča potencialno identifikacijo ustreznih tarč za razvoj novih zdravil.

Raziskave so bile osredotočene na:
• raziskave mehanizmov signalizacije preko znotrajceličnih organelov,
• raziskave na lizosomih, veziklih, sekretorno/endosomalnih poteh, ter povezavo med njihovo poškodbo in sprožitvijo apoptoze oziroma avtofagije,
• raziskave signaliziranja proteinskih kinaz pri motenem izločanju inzulina pri sladkorni bolezni, • raziskave signalne poti z vidika iskanja in identifikacije novih tarč za majhne molekule, • sintez
a malih molekul, potencialnih bioučinkovin ali njihovih prekursorjev,
• super-resolucijska optična mikroskopija za študij subceličnih organelov v živih celicah.

Prilagoditveni mehanizmi ekstremofilov na okolje

vodja: prof.dr. Nina Gunde Cimerman

scRaziskovali smo proteine, ki so vključeni v adaptacijo na visoke slanosti pri halofilnih glivah in poskušali smo ugotoviti njihovo potencialno uporabo pri reševanju okoljskih in industrijskih problemov. Posebej nas je zanimala narava interakcij med proteini, ki so vključeni v prenos signala vzdolž HOG signalne poti. Izvajali smo strukturne karakterizacije najbolj pomembnih proteinov halotolerance.

Tako pridobljena spoznanja smo primerjali z do sedaj znanimi informacijami o kvasovki Saccharomyces cerevisiae, ki je občutljiva na povišano koncentracijo soli. Primerjava obeh sistemov je omogočila interpretacijo mehanizmov halotolerance. Vloga posameznih proteinov je bila dodatno potrjena s funkcijsko komplementacije v S. cerevisiae.

Proteinska banka: Shranjevanja in proizvodnja proteinov

vodja: prof.dr. Dušan Turk

kristal• Vzpostavili smo sistem za kontinuirno proizvodnjo proteinov, ki obsega nabor relavantnih proteinskih tarč, njihovo analizo, kloniranje, izražanje, čiščenje in osnovno bio-fizikalno karakterizacijo.
• Vsi DNA konstrukti in izolirani proteini so shranjeni v osrednjem sistemu za shranjevanje.
• Razvili smo podatkovno bazo za beleženje in shranjevanje protokolov za izražanje in izolacijo proteinov (in ostalih eksperimentalnih podatkov), ki so vedno dostopni zainteresiranim partnerjem v okviru CO CIPKeBiP in širšem okolju.

Na vrh

Pretekli projekti (2010-2023)

Raziskovalni projekt: Strukturni vpogled v mehanizem tvorbe površine bakterije Clostridium difficile

ARIS šifra: J1-1709 (F)
Kordinator: prof. dr. Dušan Turk, CIPKeBiP
Trajanje: 2019-2022
Raziskovalni projekt J1-1709

Raziskovalni projekt: Inhibicija prenove celične stene Staphylococus aureus

ARIS šifra: J1-8152
Koordinator: prof. dr. Dušan Turk, Jožef Stefan Institut
Trajanje: 2017-2020
Raziskovalni projekt J1-8152

Raziskovalni projekt: Vloga legumaina pri infekciji in vnetju

ARIS šifra: J7-9435
Koordinator: prof. dr. Marko Fonović, Jožef Stefan Institut
Trajanje: 2018-2021
Raziskovalni projekt J7-9435

Raziskovalni projekt: Strukturni vpogled v metabolizem joda

ARIS šifra: J1-7479 (F)
Kordinator: prof. dr. Dušan Turk, CIPKeBiP
Trajanje: 2016-2018
Raziskovalni projekt J1-7479

Raziskovalni projekt: Razvoj encimskega preparata za razgradnjo s prioni kontaminiranih površin

ARIS šifra: L7-8277
Koordinator: prof. dr. Nataša Poklar Ulrih, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani
Trajanje: 2017-2019
Raziskovalni projekt L7-8277

Raziskovalni projekt: Vloga cisteinskih katepsinov pri z vnetji povezanih boleznih

ARIS šifra: J1-6739
Koordinator: prof. ddr. Boris Turk, Jožef Stefan Institut
Trajanje: 2014-2017
Raziskovalni projekt J1-6739

Raziskovalni projekt: Uporaba proteomskih in aptamernih pristopov za študij interakcij gostitelj-mikroorganizem pri stafilokoknih in klostridijskih okužbah

ARIS šifra: J3-5500
Koordinator: prof. dr. Maja Rupnik, CIPKeBiP
Trajanje: 2013-2016
Raziskovalni projekt J3-5500

Raziskovalni projekt: Vloga cisteinskih proteaz v procesu kancerogeneze

ARIS šifra: J1-5449
Koordinator: dr. Marko Fonović, Jožef Stefan Institut
Trajanje: 2013-2016
Raziskovalni projekt J1-5449

Raziskovalni projekt: Preprečitev rasti patogenih gliv v pomivalnih strojih

ARIS šifra: L4-5533
Koordinator: prof.dr. Nina Gunde-Cimerman, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani
Trajanje: 2013-2016
Raziskovalni projekt L4-5533

Raziskovalni projekt: Nef, izločen z eksosomi iz celic okuženih z virusom HIV, pomembno prispeva k razvoju nevroloških simptomov AIDS-a

ARIS šifra: J3-5499
Koordinator: dr. Boris Matija Peterlin, Medicinska fakulteta, Univerza v Ljubljani
Trajanje: 2013-2016
Raziskovalni projekt J3-5499

Na vrh

Bilateralni projekt z Rusko federacijo: Procesiranje antigenov in imunski odgovor

Slovenski koordinator: prof.dr. Dušan Turk, CIPKeBiP, Ljubljana
Ruski koordinator: dr. Sergey V. Lapin, St. Petersburška Pavlova državna medicinska univerza, St. Petersburg
Trajanje od 1.1.2012 do 31.12.2013

Raziskovalni projekt: Oligomeri amiloidogenih proteinov od a do ž; biofizikalne lastnosti, struktura, funkcija in medsebojne interakcije

ARIS šifra: J7―4050
Vodja projekta: dr. Eva Žerovnik, Institut Jožef Stefan
Trajanje: 1.7.2011―30.6.2014

Raziskovalni projekt: Raziskave vlog inhibitorjev cisteinskih proteaz v mehanizmu razvoja in metastaziranja tumorjev mlečnih žlez

ARIS šifra: J3―4267
Vodja projekta: dr. Olga Vasiljeva, Institut Jožef Stefan
Trajanje: 1.7.2011―30.6.2014

Raziskovalni projekt: Vloga cisteinskih katepsinov pri celičnem signaliziranju

ARIS šifra: J1―4121
Vodja projekta: prof. ddr. Boris Turk, Institut Jožef Stefan
Trajanje: 1.7.2011―30.6.2014  

Raziskovalni projekt: Vloga in pomen empiričnih geometrijskih parametrov za določevanje struktur makromolekul na uspešnost predikcije vezave ligandov

ARIS šifra: J1―4213;
Vodja projekta: prof. dr. Dušan Turk, Institut Jožef Stefan
Trajanje: 1.7.2011―30.6.2014

Na vrh